By 方舟子
人体免疫系统针对入侵的病源体有几条防线，跟疫苗有关的有两条：体液免疫和细胞免疫。
体液免疫指的是大家比较熟悉的抗体免疫。人体发现了病原体入侵之后，B细胞会产生针对它的抗体。新冠病毒的表面有S蛋白、N蛋白等几种蛋白，它们暴露在外面的部分就是抗原，能够刺激产生抗体，其中最重要的抗体针对的是S蛋白跟受体结合的那一小部分。如果新冠病毒表面的S蛋白跟人体细胞表面的受体结合，病毒就能够入侵细胞。受体相当于一把锁， S蛋白相当于一把钥匙，S蛋白跟受体结合的部分相当于这把钥匙的头。如果B细胞产生的是针对这一部分的抗体，跟它结合就相当于橡皮泥把钥匙头粘住，锁就打不开了。这种抗体可以防止病毒进入细胞，叫做中和抗体。针对S蛋白其他部分产生的抗体，以及针对其他蛋白产生的抗体，并不是都没用，它们跟病毒结合虽然没法阻止病毒进入细胞，但相当于给病毒做了标记，免疫细胞可以过来把病毒杀了。所以它们也有用，只不过效率比较低，用处不是那么大，我们关心的主要还是中和抗体。
在中和抗体方面，灭活疫苗不管是量还是质，都远不如信使RNA疫苗。灭活疫苗的制造很简单：培养病毒，然后杀死病毒，就成了灭活疫苗，所以灭活疫苗含有完整的病毒。灭活疫苗含有的病毒表面的东西都能够产生抗体，这样一来B细胞就会产生很多种针对它的抗体，其中只有很小的一部分刚好碰巧是针对S蛋白跟受体结合部分的中和抗体。信使RNA疫苗只是编码S蛋白，病毒的其他部分都不要。S蛋白的信使RNA进入细胞以后，利用细胞的生产机器生产S蛋白。B细胞只是针对S蛋白产生抗体，中和抗体的量就要多得多。
两种疫苗产生的中和抗体在质的方面也存在很大的不同。灭活疫苗含有死病毒，病毒被杀死以后蛋白质的结构有可能发生变化，那么针对S蛋白产生的中和抗体在碰到活病毒的时候，就不一定能结合得很好，质就没那么高。信使RNA疫苗是模仿病毒入侵人体细胞，现场生产S蛋白，结构没有被破坏，跟病毒的S蛋白很像，这样产生的中和抗体在跟活病毒的S蛋白结合时就可以结合得很紧，所以信使RNA疫苗在质上就要高出灭活疫苗许多。因此，在体液免疫方面，信使RNA疫苗要比灭活疫苗好得多。